Odsetek powierzchni całkowicie wyłączonej z gospodarki leśnej w Puszczy Bukowej wynosi obecnie blisko 14 % powierzchni Puszczy Bukowej i jest jednym z największych w Polsce udziałów powierzchni chronionej w kompleksie lasów użytkowanych gospodarczo. Składają się na niego poza rezerwatami przyrody, m.in. powierzchnie stref ochronnych wokół miejsc gniazdowania ptaków drapieżnych objętych ochroną prawną, tereny trudnodostępne, okrajki czyli powierzchnie wokół bagien, cieków wodnych granic z terenami nie leśnymi czy tzw. powierzchnie ekosystemów referencyjnych. Ostatnia z kategorii obejmuje miejsca w Puszczy Bukowej cenne z przyrodniczego punktu widzenia, których wybór dokonany został przez leśników przy udziale organizacji społecznych i służb ochrony przyrody. Odstąpiono w nich od realizacji gospodarki leśnej z uwagi na min. walory przyrodnicze tych terenów. Najlepiej widocznym elementem systemu ochrony przyrody w puszczańskim krajobrazie jest sieć rezerwatów. Wszystkie utworzono na powierzchniach, które w przeszłości były użytkowane gospodarczo. Za wyjątkiem rezerwatu „Osetno” nastąpiło to w 1956 roku.

Ochrona bioróżnorodności realizowana jest w codziennej pracy leśników m.in. poprzez pozostawianie do naturalnej śmierci i rozkładu biogrup, drzew ekologicznych pozostawianych do naturalnej śmierci i rozkładu. Tworzą one zapasy martwego drewna wzbogacającego różnorodność biologiczną lasu, stanowiąc ostoję gatunków roślin, zwierząt i grzybów bytujących na rozkładającym się drewnie. Integralną częścią Planu Urządzenia Lasu jest Program Ochrony Przyrody, stanowiący m.in. zestawienie istniejących i projektowanych form ochrony przyrody, opis stanu lasu, wskazania dotyczące ochrony przyrody na terenie nadleśnictwa. Dokument ten, podobnie jak dane zawarte w systemie komputerowym podlegają systematycznemu uzupełnianiu i weryfikacji. Polega to na systematycznych przeglądach obiektów przyrodniczych, inwentaryzacjach przyrodniczych, codziennych obserwacjach leśniczych itp. Wszystko po to, aby aktualna informacja o zasobach przyrodniczych była stale dostępna dla Służby Leśnej. Ma to ogromne znaczenie, gdyż dane te są wykorzystywane na każdym etapie planowania prac, które zostaną wykonane w puszczy. Jak to wygląda w praktyce? Zanim prace niezbędne do wykonania w danym fragmencie lasu zostaną zlecone powierzchnię taką weryfikuje się m.in. pod kątem występowania cennych elementów przyrody (np. gatunków flory i fauny). W przypadku ich występowania określa się sposoby (i niekiedy właściwe terminy) przyprowadzenia prac odnotowując to w dokumentach, na podstawie których są one prowadzone. Wiedzę taką przekazuje się również wykonawcom (pracownikom Zakładów Usług Leśnych). Uwzględnia się również wyznaczanie szlaków zrywkowych czyli miejsc przejazdu sprzętu. W ten sposób ogranicza się do minimum ewentualny niekorzystny wpływ robót na środowisko. Wszystko jest przemyślane i zgodne z wymogami prawa obowiązującego w zakresie ochrony przyrody. Potwierdzeniem właściwego prowadzenia gospodarki leśnej z wymogami ochrony środowiska są posiadane certyfikaty PEFC oraz FSC, aktualizowane przez jednostki nadzorujące na podstawie okresowych audytów.

Nadleśnictwo uczestniczy w realizacji projektów związanych z ochroną gatunków zamieszkujących Puszczę Bukową i siedlisk w niej występujących. Przykładem jest realizacja wraz z Regionalną Dyrekcją Ochrony Środowiska w Szczecinie i Zachodniopomorskim Towarzystwem Chiropterologicznym "Mopek" projektu zabezpieczenia i dostosowania do potrzeb zimowisk nietoperzy powojskowych obiektów "Prochownia". Projekt (zrealizowany dzięki wsparciu Narodowego Funduszu Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej) stanowi element realizowanego od lat Programu czynnej ochrony nietoperzy w Szczecińskim Parku Krajobrazowym "Puszcza Bukowa". Innym zadaniem, którego realizacja w partnerstwie z Regionalną Dyrekcją Ochrony Środowiska w Szczecinie oraz Centrum Koordynacji Projektów Środowiskowych rozpoczęła się w Puszczy Bukowej w 2018 roku jest projekt polegający na wykonaniu zabiegów z zakresu ochrony czynnej w zasięgu siedlisk przyrodniczych 7140 (torfowiska przejściowe i trzęsawiska). Jego zadaniem jest usuwanie gatunków niepożądanych oraz regulacja właściwych stosunków wodnych.

Ptasie enklawy

Miejsca gniazdowania bielików, orlików krzykliwych czy kani rudych zamieszkujących Puszczę Bukową są objęte tzw. ochroną strefową. Oznacza to, wyznaczenie w promieniu 200 metrów od gniazda tzw. strefy ochrony całorocznej, w której cały rok w okresie istnienia strefy nie wykonuje się prac wskazanych w ustawie o ochronie przyrody (m.in wycinka drzew i krzewów). 300 metrów od granic strefy całorocznej wyznacza się dodatkowo strefę ochrony okresowej, w której zakazy obowiązują w okresach lęgowych. Przykładowo – dla bielika strefa ta obowiązuje od 1 stycznia do 31 lipca, a dla kani rudej i orlika od 1 marca do 31 sierpnia. Taki system obowiązuje w całych Lasach Państwowych, a listę gatunków objętych tą formą ochrony wskazuje rozporządzenie Ministra Środowiska w sprawie ochrony gatunkowej zwierząt.

EKOSYSTEMY REFERENCYJNE

To powierzchnie w Puszczy Bukowej, na których zaniechano realizacji gospodarki leśnej. Ich lista zawiera nie tylko rezerwaty przyrody ustanowione na mocy ustawy o ochronie przyrody ale również inne powierzchnie, które w ramach ekosystemów referencyjnych pełnią dziś taką nieformalną funkcję. Znalazły się wśród nich m.in. niektóre oddziały leśne stanowiące przez lata propozycję rezerwatów zawartą w różnych dokumentach planistycznych. Przykładem są okolice jeziora Węglino czy  Jeziora Czarnego. Łączna powierzchnia ekosystemów referencyjnych wyłączonych z użytkowania na terenie Puszczy Bukowej wynosi blisko 1000 ha

DRZEWA BIOCENOTYCZNE

Określenie to dotyczy drzew, które pozostawia się w lesie do naturalnego rozkładu w celu zachowania bioróżnorodności poprzez m.in. wzbogacanie zasobów martwego drewna. Zasada pozostawiania takich drzew wpisana jest w każdy etap planowania prac w puszczy, a sposób podejścia do „drzew biocenotycznych” jest zgodny z obowiązującymi aktami prawnymi. W sposób widoczny kontynuuje się w puszczy pozostawianie do naturalnego rozkładu licznych drzew biocenotycznych i ich fragmentów. Ilość drzew i sposób ich pozostawienia zależy jednak m.in. od warunków panujących w danym fragmencie lasu i aspektów związanych z bezpieczeństwem publicznym. Bezpieczeństwo dla ludzi i mienia jest nadrzędne i odnosi się do każdego użytkownika lasu – turysty i osób na co dzień tu pracujących. Sposób postępowania z drzewami biocenotycznymi jest temu aspektowi podporządkowany. Wszędzie tam, gdzie jest to konieczne drzewa biocenotyczne (obumierające, obumarłe, stanowiące zagrożenie) obala się i w zależności od sytuacji w terenie pozostawia w całości do naturalnego rozkładu. Drzewa takie są również przecinane, przeciągane i w tej postaci pozostawiane, gdy nie ma miejsca, by leżały w całości. Wszędzie tam, gdzie pozwalają na to względy bezpieczeństwa drzewa biocenotyczne pozostawiane są również punktowo.